No se conoce con exactitud la fecha de fundación de esta villa, aunque se sabe con certeza que fue reconquistada como consecuencia de la toma de Toledo por Alfonso VI. A pesar de ello, hay autores que sitúan las primeras referencias escritas en el siglo X.
En el 1150, en una Carta de Alfonso VII a la Orden de San Juan, se citan las localidades de Bogas y de Mora la Vieja ; lo que parece indicar que hay dos poblaciones cercanas con ese nombre . Esta Vieja sería la que hoy persiste, y la nueva, se situaría en las inmediaciones del castillo de La Peña Negra.
Mora fue por ultimo ocupada por Alfonso VII en el 1144, no volviéndose a perder. Alfonso VIII concede el caserío de Mora a la Orden se Santiago el 23 de Marzo de 1171; viniendo a ser la primera donación que hace a esta Orden en el reino de Toledo.
Con la repoblación, en la Concordia que había entre las Órdenes de Santiago y San Juan, en el 1237, se habla de Mora y Yegros, siendo este último un importante des poblado medieval.
En el siglo XVI, siendo comendador de Mora don Antonio de Córdoba, Felipe II obtuvo la segregación de la villa de la Orden de Santiago, vendiéndosela con castillo, vasallos y jurisdicción a don Francisco de Rojas, vecino de Toledo y regidor de su ayuntamiento, para que la unieran a su casa y mayorazgo. Felipe III concede en 1602, a don Francisco de Rojas y Guevara, el título de conde de Mora .
