De las primeras noticias sobre Almonacid de Toledo, se sabe que en 1086 Alfonso VI donó a la iglesia de Toledo esta villa. Por el 1129 figura como alquería de la comarca toledana de Santa María de la Sisla. Por carta de Alfonso VII, dada en Guadalajara en 1132, cede al conde Don Pons de Cabrera esta villa. En 1150 aparece de nuevo escrito Almonacid en un documento mozárabe de donación, así como el arroyo Guadalaceth. En el 1176, el rey se lo dona a la Orden de Calatrava, con los parajes de Balaga y Orta. Las tropas de Alfonso VIII, camino a la victoria de las Navas de Tolosa, acamparon en Guadalacete, el día 22 de junio de 1212.
En 1226 se hacen donaciones al arzobisco don Rodrigo para repoblar la villa, concertándose las de la Guardia, Yepes y Almonacid para pagar un tributo en el 1313.
Como elemento más emblemático y significativo de época medieval destaca su castillo, que supuestamente fue donado junto al pueblo por Alfonso VI a la iglesia de Toledo a su arzobispo, pasando en el siglo XVIII a manos de los Condes de Mora.